여신도교육원의 시작은 1955년부터 여성지도자 양성기관 설치에 대한 꿈을 가지고 다각적인 방안(농촌실무 여전도사 양성기관, 여자성경학원, 여자초급대학 설립 등)을 검토하던 중 1964년 캐나다 선교부가 재정 보조 의사를 밝힘으로서 “베다니 여 학원” 설립계획을 확정짓고 구체적인 논의를 시도했다. 1965년 초대원장 박형규 목사의 취임으로 인하여 여성지도자 양성을 위한 여 학원 운영의 방침은 평신도지도자를 훈련, 양성하는 평신도 지도자학원으로 변경되고 그에 따라 학원의 공식적 명칭도 “베다니 평신도 지도자 학원(Bethany Lay Leader's Training Institute)”으로 개칭되었다. 따라서 베다니 평신도학원은 여신도회 부속기관의 틀에서 벗어나 남녀 평신도 지도자, 목회자, 일반 지식인, 교인 등 사회성인을 위한 사회교육기관의 성격을 띠게 되었으며 교회시설의 건축의 꿈도 가지고 있었다. 초창기의 원대한 꿈은 여러 가지 장애 요인으로 인하여 축소되었고 프로그램도 ①여교역자와 여신도회 지도자 훈련을 위한 ‘단기훈련’과정 ②남녀 교역자와 남녀 평신도를 위한 공개강좌 형태의 ‘월요강좌’ ③여신도회 지회원을 위한 ‘이동강좌’가 그 주축을 이루었다.

1972년 이우정 원장 서리 취임으로 여성이 지도력의 주축이 되면서 변화하기 시작한 베다니 평신도교육원은 1976년 제41회 여신도회 전국연합회 총회에서 “지역사회 개발을 위한 교회개방운동”을 펼치기로 한 결의에 따라 독일 개신 교회(BFW:세계를 위한 양식)의 재정지원을 받아 베다니 학원이 주축이 되어 이 운동을 전개해 나갔다. 이 사업은 네 가지 형태로 추진되었는데,

①지역사회를 위한 교회개방 실태
②교회개방운동 참여 촉구를 위한 홍보활동
③시범 프로젝트 실시
④지회와 회원들의 참여와 의식전환을 위한 이동강좌 교육 등이 그것이었다.

실제 사업으로는 “도시 서민을 위한 독서실 운영”과 “농촌지역 계절 탁아소 운영”은 기존교회의 개방 프로그램을 재정적으로 지원하는 형태로 실시하였으며 ‘근로여성선교’사업만 베다니 학원이 직접 운영하였다. 하나님의 선교신학이 이 모든 프로그램의 밑받침이 되어 주었다.

이와 때를 같이 하여 1975년 세계 여성의 해를 맞이하여 여신도회 안에도 여성의식화의 문제가 대두되었고, 우리나라 정치, 경제, 사회상황에 따른 민주화운동의 불길은 여신도회로 하여금 민주화 운동의 반열에 서게 했으며, 심각한 생태계 파괴의 문제는 1980년대 여신도회 선교의 과제를 생명중심으로 향하게 하여 ‘생명문화창조운동’을 활발하게 벌이게 하였다. 이를 위한 여신도의 의식화교육을 연합회 이동강좌, 지구지도자 훈련, 연합회 임원훈련, 생명평화연구그룹(지도자 양성과 의식화를 위한 소그룹운동)등을 통하여 이룩해 냈었고 그 운동에 따르는 교육자료들을 발간해 내는 작업도 병행하여 왔다.

1990년 한신대학원 수유리 캠퍼스에 “여신도지도자 교육과정”의 설치는 21세기를 이끌어 갈 인적자원을 준비하는 큰 발걸음이었다. 이제까지 일회적이고 단기적인 교육에서 체계적이고 계속적이고 장기적인 교육을 시작하여 격변하는 사회 속에서 교단의 신학적 응답과 평신도들의 지적욕구를 채울 뿐 아니라 전국연합회 조직을 효율적으로 움직이게 하는 인적자원의 산실 역할을 하고 있다. 2000년부터는 지방연합회 회원들을 대상으로 대전 목원대 캠퍼스에서도 동시에 모집을 하여 현재는 대전 한성교회에서 진행하고 있다. 또한 21세기 복지사회를 바라보며 회원들이 사회의 소외된 계층들의 삶을 이해하고 이들과 더불어 사는 하나님 나라 실현을 위해 “자원활동가 교육”을 실시하여 1998년부터 “여성 장애우를 위한 자원활동가 교육”을 5회 실시하였다.

1980년 광주민중항쟁을 계기로 사회부문 운동이 활발히 추진되어 각 단체들이 사회교육을 많이 실시하고 교단 내에서도 남신도회, 청년회가 각자의 프로그램을 추진해 나가는 현실 속에서 명칭을 ‘여신도교육원’으로 변경하고 여신도 회원교육을 중심으로 일하게 되었다. (1991년 제44회 총회 이후) 이때부터 명칭의 변경과 아울러 프로그램도 회원중심의 교육으로 변화되었다.